Dengan kekuasaan barunya, Suharto melarang PKI dan bergerak secara bertahap untuk mengkonsolidasikan posisinya sebagai kepala pemerintahan yang efektif.
Pada bulan Maret 1967 legislatif Indonesia mengangkat Suharto sebagai penjabat presiden, dan pada bulan Maret 1968 ia diangkat menjadi presiden dengan haknya sendiri.
Sedangkan Sukarno ditahan di bawah tahanan rumah sampai kematiannya pada 21 Juni 1970.
Tahun-tahun antara 1965 dan 1968 adalah salah satu yang paling bergejolak dan penuh kekerasan dalam sejarah Indonesia.***